Alfred Kastler était également un humaniste, profondément pacifiste, et hostile aux armes nucléaires. Pendant la guerre d'Algérie, il proteste contre les méthodes du Comité de salut public d'Alger en 1958, et son appartement est plastiqué par l'OAS en 19616. Il fut aussi plusieurs années président de la Ligue Française des Droits de l'Animal, aujourd'hui dénommée La fondation droit animal, éthique et sciences, qui attribue le Prix de biologie Alfred Kastler destiné à récompenser des méthodes alternatives à l'expérimentation animale7. En 1979, il co-fonda l'Association internationale contre la faim (AICF). En 1981, il cosigna, avec Michel Damien et Jean-Claude Nouet, Le grand massacre, une enquête critique sur l'élevage intensif